Atas perintah Sultan Ahmed (1606-1617), Masjid Biru dibangun oleh Mehmet Agha yang dikatakan telah mengunjungi monumen utama Ottoman sebelum dia menggambar rencana masjid tersebut. Hal ini diperjelas dengan karakter masjid yang menganut sejumlah gagasan pendahulunya.
Kelanjutan dari desain kubah, yang menunjukkan sifat mistik dari keyakinan religius kepemimpinan Ottoman serta kemegahan Khilafah mereka, adalah indikasi pertama dari pengetahuan mendalam arsitek tentang masjid-masjid yang diulas di atas. Penerapan konfigurasi spasial serupa yang terdiri dari ruang tengah dan galeri samping yang diterangi melalui kubah dan dinding tirai adalah semua fitur yang dipinjam dari masjid-masjid sebelumnya, khususnya masjid Shehzade Sinan.
Satu-satunya konsep desain baru yang diperkenalkan di masjid ini adalah pengenalan keran wudhu di bawah galeri luar yang membentang di sepanjang pelataran. Denahnya sendiri berupa quatrefoil hasil pembagian alun-alun menjadi empat sisi dengan bagian tengahnya ditempati oleh kubah tengah, dan sisinya dibuat oleh semi kubah yang menopangnya.
Empat pilar megah yang menopang kubah tengah mendominasi interior masjid meskipun terdapat galeri-galeri seperti yang ditemukan di Selilmiye dan Sulemanye namun di sini gagal mengurangi pengenaan pilar-pilar tersebut yang sering dibandingkan dengan kaki gajah .
Pendekatan ini disengaja karena arsitek dan pelindungnya, Sultan Ahmed, mengaitkan dermaga ini dengan makna simbolis yang mengacu pada empat khalifah yang dipandu dan sahabat dekat Nabi Muhammad (saw); Abu Bakar, Umar, Utsman dan Ali.
Kubah di atas mereka melambangkan Nabi sendiri sebagai pemimpin dan pancaran matahari keimanan Islam. Seperti di masjid Sinan, masjid ini disatukan dengan halaman yang dikelilingi oleh galeri (Riwaks) yang ditutupi dengan total sekitar tiga puluh kubah, tetapi di sini meluas ke area yang ukurannya sama dengan aula shalat. Aula sholat dihiasi oleh empat menara, dengan tiga balkon, di empat sudutnya. Dua menara lain, dengan ukuran yang jauh lebih kecil dan hanya dengan dua balkon, ditanam di kedua sudut ujung halaman, jelas meminjam dari contoh Suleymanye, berkembang dari tingkat yang lebih rendah ke yang lebih tinggi di puncak piramida ruang sholat seperti yang didefinisikan oleh kubah. Sumber-sumber sejarah menunjukkan bahwa para pemuka agama di Istanbul keberatan dengan enam menara tersebut dengan alasan bahwa masjid biru tidak boleh dibandingkan dengan Masjid Makkah (Al-HaramAl-Shareef) yang juga memiliki enam menara . Untuk mengatasi kritik tersebut, sultan Ahmed menambahkan satu menara lagi ke Masjidil Haram.
Masjid ini dijuluki Masjid Biru karena ubin biru yang menutupi lebih dari tiga perempat permukaannya. Panel ubin menampilkan lebih dari lima puluh desain berbeda, yang semuanya dibuat di Iznik atau Kutahya atas perintah Sultan. Sumber-sumber sejarah mengungkapkan bahwa beberapa kritik dilontarkan terhadap biaya besar yang dikeluarkan untuk pembangunan dan dekorasi masjid. Karya kaligrafi misalnya, dikerjakan oleh Ametli Kasim Gubari yang terkenal dan kebanyakan dihiasi dengan emas. Mimbar dengan ornamen mewah itu terbuat dari marmer berukir yang didekorasi dengan desain artichoke dan dimahkotai dengan a’lem emas. Lampu lampu dilapisi emas dan dihiasi permata yang menggabungkan telur burung unta, kilau, dan bola kristal. Telur burung unta diketahui bekerja sebagai pengusir laba-laba dan serangga lainnya dan digunakan oleh Sinan di masjid Suleymaniya.
Menurut Mustapha Ali, seorang sejarawan abad pertengahan setempat, pembangunan masjid dan dengan biaya sebesar itu menimbulkan banyak kontroversi di kalangan penduduk Turki-Utsmaniyah. Dia menjelaskan bahwa kebiasaan yang biasa adalah para pemimpin membangun bangunan seperti itu (masjid, istana, dan bangunan umum lainnya) untuk memperingati kemenangan tertentu dan biayanya biasanya ditanggung oleh barang rampasan yang diperoleh dari kemenangan tersebut. Namun, Masjid Biru adalah contoh pertama ketika pemimpin membangun masjid mahal tersebut tanpa kemenangan tetapi dari dana publik. Dia lebih lanjut mengkritik pembangunan proyek semacam itu di saat daerah yang lebih miskin dan kota-kota kecil diabaikan dan hampir tidak ada masjid, rumah sakit atau dapur umum yang terawat dengan baik.
